Вильгельм Иордан родился 8 февраля 1819 года в городе Инстербурге, расположенном на Инстере и Ангерапп, на Прегельштрассе, 18/19 (ул.Прегельная). Его отец был ректором, затем пастором в Гумбиннене и, наконец, суперинтендантом в Рагните (города Гусев и Неман). Сын Вильгельм посещал гимназию там же и после окончания в 1838 году изучал теологию в Кенигсберге. В Норкиттене (пос.Междуречье) он дважды стоял на церковной кафедре, но изменил специализацию и в 1842 году окончил Альбертину (Кенигсбергский университет) в качестве доктора философии, к большому сожалению отца, который был представителем четвертого поколения теологов.